Sur les ondes de Radio Vatican, le cardinal Tarcisio Bertone, l'un des gardiens de la doctrine catholique, a regretté le succès de ce polar mystico-religieux (plus de 20 millions d'exemplaires vendus et un tournage en préparation), déclarant que l'on ne faisait pas un roman en "mystifiant les faits historiques, et en salissant un personnage historique d'une telle réputation dans l'histoire de l'humanité". Au coeur de la polémique figure l'union que l'auteur anglais entre Jésus et Marie-Madeleine, d'où serait née une descendance illustre. Selon la fiction imaginée par Dan Brown, l'Eglise chercherait à cacher cela pour préserver son dogme. Autres éléments d'autant plus dénoncés par l'Eglise que l'écrivain les présente comme véridiques, l'existence d'une société secrète millénaire nommée le Prieuré de Sion et une représentation de l'Opus Dei comme une secte de fanatiques mortifères.